Con el fin de incluir en el trabajo del Proyecto a los principales actores del país involucrados en el manejo de los ecosistemas costeros, incorporar sus opiniones, experiencias y acuerdos, se creó un Comité Directivo, el que está conformado por representantes de la Dirección de Obras Portuarias (DOP), la Dirección General de Aguas (DGA), el Ministerio de Vivienda y Urbanismo (MINVU), el Ministerio de Bienes Nacionales (MBN), la Subsecretaria de Agricultura y la Subsecretaria de Desarrollo Regional (SUBDERE).
Al mismo tiempo, el Proyecto es asesorado en materias técnicas por un Comité Técnico Nacional, formado por los miembros del Comité Nacional de Humedales (CNH): Corporación Nacional Forestal (CONAF), Servicio Agrícola y Ganadero (SAG), Ministerio de Relaciones exteriores (MINREL), Ministerio de Minería, Ministerio de Bienes Nacionales, Subsecretaría Marina, Subsecretaria de Pesca, Servicio Nacional de Pesca (SERNAPESCA), Dirección General de Aguas (DGA), Dirección General de Territorio Marítimo y de Marina Mercante (DIRECTEMAR), y la Comisión Nacional de Riego (CNR) y el Museo Historia Natural. Este Comité Técnico también incluye al Ministerio de Vivienda y Urbanismo (MINVU), a la Subsecretaría de Desarrollo Regional, Secretaría Ejecutiva de Medio Ambiente y Territorio (SEMAT), Oficina de Estudios y Políticas Agrarias (ODEPA) y Subsecretaria de Turismo, además de la ONG National Audubon Society, Fundación COSMOS, Fundación Kennedy, el Instituto de Estudios Urbanos Territoriales PUC, el Centro de Humedales Río Cruces (CEHUM), y The Nature Conservancy (TNC).
En cada región piloto se conformaron Comités Técnicos Locales, los cuales son dirigidos por las respectivas Seremis de Medio Ambiente, actuando como Secretaría Técnica.
